Закон о противодействии отмыванию доходов говорит об операциях как с безналичными, так и с наличными денежными средствами по сделкам с недвижимостью (п. 1.1 ст. 6 Закона № 115-ФЗ). Но у наличных есть дополнительная проблема: внести крупную сумму наличными на счет для аккредитива — тоже операция с денежными средствами, и вопрос об источнике этих наличных может возникнуть уже на этом шаге.
Кроме того, наличные сложнее подтвердить для налогового вычета. Среди документов, подтверждающих расходы на покупку жилья, Налоговый кодекс называет, в частности, квитанции к приходным ордерам и банковские выписки о перечислении денег со счета покупателя на счет продавца (пп. 6 п. 3 ст. 220 НК РФ). Безналичный перевод оставляет такой документ автоматически.
Сравнение способов расчетов при покупке квартиры и их рисков подробно разбираю в статье
о передаче денег при покупке квартиры.